Для управления наценкой необходимо открыть “Настройки” - “Сайты” - нужный сайт - “Переменные” - “Наценка на товары интернет магазина по умолчанию”

Вы увидите поле, где можно указать размер вашей наценки, просто введите число и нажмите сохранить.